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2025-12-25 BioInformatics

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开源分享：经过运行验证的自动SNP Calling脚本

作者为应对非标准化集群算力调用难题，开发了“Auto-Fish-SNP-Calling”自动化变异检测流程。该流程包含环境部署和核心分析两个脚本，支持单样本与批量处理，遵循GATK最佳实践，涵盖从原始数据到高质量VCF文件的完整步骤，并已在千级鱼类基因组样本上验证。

2025-12-18 BioInformatics

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使用glnexus进行大规模群体变异检测时，不建议拆分染色体并行处理，否则会大幅增加时间和存储消耗。推荐直接使用默认方式运行，并采用Docker镜像简化部署。注意glnexus运行时内存占用较高，需提前确保足够内存。

2024-12-16 BioInformatics

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SimpleM是一种用于GWAS中多重检验校正的方法，通过计算有效检验数量（Meff）来考虑SNP之间的连锁不平衡，从而比传统方法更合理地调整显著性阈值。

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