团头鲂（Megalobrama amblycephala）是一种原产于中国、具有重要经济价值的草食性鱼类。然而，高效基因分型工具的缺乏阻碍了团头鲂的基因组育种计划。SNP芯片作为一种重要的基因分型平台，对于实施基因组选择至关重要。本研究采用液相杂交捕获测序基因分型技术，构建了一个名为Fangxin-I的多重单核苷酸多态性（mSNP）液相芯片，该芯片包含分布于团头鲂24条染色体上的49,173个均匀分布的SNP位点。该芯片旨在全面评估团头鲂基因组的等位基因变异。共有79.59%的芯片位点为高质量位点，在52个个体中的基因分型成功率达到98.63%。批间平均基因型一致率为96.56%，批内平均基因型一致率为99.40%。将SNP芯片分型结果与全基因组重测序结果进行比较，显示基因型一致率为98.32%。随后，Fangxin-I SNP芯片被用于群体遗传学和遗传性别鉴定，以验证其效率和准确性。分析结果表明，利用Fangxin-I SNP芯片分型数据和重测序鉴定的基因组位点所构建的6个团头鲂群体系统发育树，反映了相似的遗传关系。Fangxin-I在遗传性别鉴定中表现出高准确性，证实了其在群体遗传学和遗传性别决定中的有效性。此外，该芯片还被用于全基因组关联分析，鉴定出与团头鲂嗜水气单胞菌（Aeromonas hydrophila）抗性相关的位点主要位于2号、4号、11号和20号染色体上。总之，Fangxin-I SNP芯片将作为一个高质量基因分型的重要平台，从而促进团头鲂的基因组选择育种。
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ScienceDirect